Pada masa pemerintahannya, Amangkurat I ini lalu menjalin hubungan dengan VOC yang berpusat di Batavia. Hal ini sangatlah tidak sejalan dengan ayahnya, Sultan Agung dimana sangat memusuhi dan mengobarkan perang dengan VOC.
Pada tahun 1646 ia mengadakan perjanjian dengan VOC dimana perjanjian ini berbunyi pihak VOC diizinkan membuka pos-pos dagang di wilayah Mataram, sedangkan pihak Mataram diizinkan berdagang ke pulau-pulau lain yang dikuasai VOC. Kedua pihak juga saling melakukan pembebasan tawanan.
Kemudian saat Amangkurat I memerintah kerajaan Mataram diwarnai dengan pembunuhan tokoh-tokoh señor dan penguasa-penguasa daerah yang pemikirannya tidak sejalan dengannya diantaranya Tumenggung Wiraguna dan Tumenggung Danupaya termasuk pangeran Pekik dari Surabaya, mertuanya sendiri.
Amangkurat I juga menutup pelabuhan dan menghancurkan kapal-kapal di kota-kota pesisir, untuk mencegah berkembangnya kekuatan mereka karena kesejahteraan yang meningkat.
Pada akhirnya pada tahun 1647 Amangkurat memindahkan ibukota kerajaan ke Plered yang lebih megah. Hal ini dilakukan untuk menunjukkan kekuasaan dan kejayaannya. Istana ini berbahan baku bata.
Gaya kepemimpinan Amangkurat banyak menuai protes dari tokoh-tokoh disekitar istana. Mereka ini tidak setuju terhadap perbuatan Amangkurat I yang menyingkirkan beberapa tokoh-tokoh señor.
Protes ini kemudian lama-lama berkembang menjadi pembrontakan seperti pembrontakkan adik Amangkurat I sendiri, Raden Mas Alit atau Pangeran Danupoyo.
Pembrontakan ini terjadi pada saat perpindahan ibu kota kerajaan ke Plered. Pembrontakan ini bisa ditumpas oleh Amangkurat I dengan terbunuhnya Raden Mas Alit. Selain pembrontakan Amangkurat I juga berselisih dengan Raden Mas Ramat, putra mahkotanya sendiri. Perselisihan ini disebabkan oleh berita bahwa jabatan Adipati Anom akan digantikan kepada Pangeran Singasari (putra Amangkurat I lainnya).
Pada akhirnya pada tahun 1661 Mas Rahmat melancarkan aksi kudeta. Amangkurat I berhasil mempertahankan singgasananya dan bisa mengatasi para pendukung putranya. Perselisihan semakin memburuk pada tahun 1668 saat Mas Rahmat merebut calon selir ayahnya yang bernama Rara Oyi.
Amangkurat I menghukum mati Pangeran Pekik mertuanya sendiri, yang dituduh telah menculik Rara Oyi untuk Mas Rahmat. Mas Rahmat sendiri diampuni setelah dipaksa membunuh Rara Oyi dengan tangannya sendiri.
BACA JUGA:Anda Harus Tahu, Siapakah Sosok Sebenarnya Mbah Panggung yang di Semayamkan di Kota Tegal
Masa terjadinya pemberontakan besar
Pembrontakan yang besar dan berpengaruh terhadap kekuasaan Amangkurat I merupakan pembrontakan Trunajaya pada tahun 1670. Pembrontakan ini diawali dengan perkenalan Raden Mas Rahmat dengan Panembahan Rama dari Kajoran.
Panembahan Rama mengusulkan agar ia membiayai menantunya, yaitu Raden Trunajaya seorang pangeran dari Madura, untuk melakukan pemberontakan. Akhirnya tanggal 2 Juli 1677 Trunajaya berhasil merebut istana Plered dan menjarahnya.
Diperkirakan terjadi perselisihan antara Trunajaya dan Raden Mas Alit, sehingga sehingga Trunajaya tidak jadi menyerahkan kekuasaan kepada Raden Mas Rahmat sebagaimana yang direncanakan sebelumnya berbalik kembali memihak ayahnya. Amangkurat I dan Mas Rahmat berhasil melarikan diri ke barat menuju ke Batavia.
Mereka mencari perlindungan VOC yang bermarkas di Batavia. Setelah mengambil jarahan, Trunajaya kemudian meninggalkan keraton Mataram dan kembali ke pusat kekuasaannya di Kediri, Jawa Timur.