Lebih lanjut, Zainal menilai audit BPKP keliru menjadikan kelemahan administratif—seperti purchase order, invoice, surat jalan, dan nota timbang—sebagai bukti pidana.
“Dalam hukum pidana, cacat administrasi bukan bukti kejahatan. Ini prinsip dasar yang diabaikan,” katanya.
Inkonsistensi audit juga terlihat pada perhitungan kerugian negara.
Awalnya, auditor menyebut kerugian sekitar Rp6,7 miliar dari total pembayaran Rp7,4 miliar.
Namun dalam persidangan, angka tersebut berubah menjadi sekitar Rp3,6 miliar setelah auditor mengakui sebagian pengembalian dana,
meskipun tetap mengabaikan fakta pengiriman 116 ton dari total 200 ton biji kakao serta penyelesaian sisanya melalui retur barang maupun pengembalian uang.
“Angka kerugian berubah di ruang sidang. Ini menunjukkan perhitungan spekulatif dan bertentangan dengan asas kepastian hukum,” ujarnya.
Zainal menambahkan, penggunaan dana PT Pagilaran untuk memenuhi kewajiban usaha kepada pihak ketiga merupakan konsekuensi hubungan keperdataan, bukan tindak pidana korupsi.
Terlebih, seluruh kewajiban tersebut telah diselesaikan dalam bentuk barang maupun uang tunai jauh sebelum penyidikan dimulai pada April 2025.
Dalam persidangan juga terungkap kegagalan auditor BPKP menjawab pertanyaan Majelis Hakim terkait pembebanan sisa kerugian negara kepada masing-masing terdakwa.
Auditor tidak mampu menjelaskan besaran tanggung jawab masing-masing pihak, yang menurut Zainal menunjukkan audit tersebut tidak siap diuji secara hukum.
Saksi fakta lainnya, Prof. Irfan Dwidya Prijambada, M.Eng., Ph.D, Dosen Fakultas Pertanian UGM sekaligus anggota Majelis Wali Amanat, menyatakan keheranannya atas diangkatnya kembali perkara ini.
Ia menegaskan persoalan pengadaan biji kakao UGM–PT Pagilaran telah selesai pada akhir 2021 dan UGM memperoleh predikat Wajar Tanpa Pengecualian (WTP) pada 2021–2023, namun kasus tersebut kembali diangkat pada 2025 dan berujung perkara tipikor.
Zainal juga menyinggung fakta persidangan terkait tata kelola PT Pagilaran pasca-perkara ini bergulir.
Dari keterangan saksi, terungkap dugaan penunjukan direksi PT Pagilaran tidak sesuai anggaran dasar dan prinsip Good Corporate Governance (GCG) UGM sebagai pemilik.
“Mekanisme pemilihan direksi melalui Dekan Fakultas Pertanian sebagai kepanjangan tangan Rektor UGM. Rektor harus ikut bertanggung jawab atas kekisruhan ini,” ujar Zainal.