Pondok Pesantren Babakan ini tercatat berdiri tahun 1916 dan sampai saat ini masih eksis dengan santri yang berjumlah ribuan.
Baik yang bertempat di pesantren utama bernama Pondok Pesantren Mahadut Tholabah atau
di pesantren cabang milik keturunan Mbah Mufti seperti Pondok Pesantren Al Rizqi dan lainnya.
BACA JUGA: Pesan Pangeran Purbaya Putra dari Sultan Agung Yang di Makamkan di Desa Kalisoka Kabupaten Tegal
Kisah Hidup Ki Gede Sebayu
Ketokohan Ki Gede Sebayu ini mulai tampak ketika terjadi perang antara Kesultanan Pajang dengan Kadipaten Mataram.
Ki Gede Sebayu bergabung dengan prajurit Mataram bersama Pangeran Benawa untuk menyingkirkan Aryo Pangiri.
Ketika itu Ki Gede Sebayu dengan tombak pendeknya menyerang prajurit Pajang sehingga banyak yang tewas
dan akhirnya Aryo Pangiri menyerah dan diusir dari Keraton Pajang. Kemudian Keraton pajang diserahkan kepada Pangeran Benawa.
Setelah selesai pertempuran (1587), Ki Gede Sebayu dan pengikutnya memutuskan untuk melakukan perjalanan ke arah barat
dan sampai di Desa Taji (wilayah Bagelan) disambut oleh Demung Ki Gede Karang Lo.
Kemudian melanjutkan perjalanan ke Banyumas (Kadipaten Purbalingga) untuk ziarah ke makam ayah Ki Gede Sebayu.
Dan akhirnya sampai di Desa Pelawangan kemudian menyusuri pantai utara ke arah barat dan sampailah di Kali Gung
(Padepokan Ki Gede Wonokusumo).
Kedatangan Ki Gede Sebayu bersama rombongan yang bermaksud “mbabat alas” membangun masyarakat tlatah Tegal
disambut gembira oleh Ki Gede Wonokusumo.